El Consejo Mexicano de Nefrología, AC fue fundado en 1986 y obtuvo la idoneidad de la Academia Nacional de Medicina en ese mismo año. Se culminó así una década de esfuerzos de un grupo de destacados nefrólogos mexicanos de tener un Consejo de la especialidad. Adicionalmente, se integraron otros miembros con características académicas similares manteniendo un equilibrio entre las diversas instituciones del Sector Salud y los principales centros de medicina privada y de algunos Estados de la República. Este equilibrio permitió consolidar la actividad del Consejo en los primeros años de su formación.
La primera Mesa Directiva estuvo integrada por los doctores: José Carlos Peña Rodríguez (Presidente), Manuel Torres Zamora † (Vicepresidente) y Alejandro Treviño Becerra (Secretario-Tesorero). A partir de entonces, la Directiva se renueva automáticamente cada año.
Además de estos tres eminentes nefrólogos, los miembros constituyentes del Consejo fueron: Jaime Herrera-Acosta †, Juvenal Torres Pastrana y Gustavo Gordillo Paniagua †.
Los doce miembros fundadores fueron los doctores: Juan Abraham Bermúdez, Nicolás Bañuelos Delgado †, Roberto Bravo Zamudio †, José María Chávez de los Ríos †, Alfredo de la Huerta Robledo †, Manuel Díaz de León Ponce †, Silvestre García de la Puente, Felipe Mota Hernández †, José Z. Parra Carrillo, José Luis Reyes Sánchez †, Francisco Ruiz Maza y Samuel Zaltzman Girshevich †.
En 1987 se certificaron 34 Nefrólogos por invitación en base a méritos curriculares y 11 más por evaluación curricular.
En 1989 se llevó a cabo el primer examen alcanzando la certificación 18 nefrólogos y en 1991 se certificaron por examen otros 20 nefrólogos.